Las embarcaciones con los 4.156 kilos de la droga zarparon desde el puerto colombiano de Tumaco, en el departamento de Nariño (suroeste).
Siete personas fueron capturadas, incluidos cinco colombianos y dos ecuatorianos, según la policía.
«La droga pertenecería a alias Allende, jefe de la estructura Alfonso Cano de los disidentes de las FARC» de la Segunda Marquetalia, facción que quedó marginada del histórico acuerdo firmado en 2016, agregó.
Según el think tank independiente Indepaz, unos 2.000 hombres están bajo el mando de esa dirección rebelde liderada por Iván Márquez, el exjefe negociador de paz de las FARC que volvió a las armas en agosto de 2019.
La inteligencia militar colombiana asegura que varios de sus líderes han muerto en combates en Venezuela, en medio de una batalla a sangre y fuego con otras facciones disidentes por el control del narcotráfico.
Las autoridades colombianas ofrecen una recompensa equivalente a $ 245.000 por información que permita la captura de alias Allende.
Tras cinco décadas de guerra antidrogas con miles de muertos entre policías, civiles y narcotraficantes, Colombia es el primer productor mundial de cocaína y el mayor cultivador de hoja de coca, materia prima de esa droga, según la ONU.
Estados Unidos es el principal consumidor mundial de polvo blanco y un aliado cercano del país en la lucha contra el narcotráfico.