El universo de Star Trek quedó más seguro después de que Star Trek: Deep Space Nine terminara, pero esa paz duró solo 10 años. Después del final de Star Trek: Deep Space Nine, el USS Voyager regresó a la Tierra en el final de la serie de 2001 de Star Trek: Voyager, y un año después sucedió Star Trek: Nemesis. El desempeño desastroso de Nemesis en taquilla postergó la era de Star Trek: The Next Generation durante 18 años, hasta que la era moderna de Star Trek alcanzó el «presente» en Star Trek: Picard.
### La Federación ganó la Guerra del Dominio en Star Trek: DS9
La Federación ganó la Guerra del Dominio de Star Trek: Deep Space Nine con la ayuda de los Klingons y los Romulanos en una alianza previamente impensable de poderes galácticos. Estos antiguos enemigos se unieron para defender el Cuadrante Alfa de Star Trek del Dominio del Cuadrante Gamma después del descubrimiento del Agujero de Gusano Bajorano que conectaba los dos cuadrantes. Aunque la paz que pareció seguir a la victoria de la Federación de Planetas Unidos en la Guerra del Dominio de DS9 no duraría tanto como se esperaba.
La mayor parte de los personajes principales de Lower Decks habrían estado en la Academia de la Flota Estelar durante la guerra, pero la Alférez Beckett Mariner (Tawny Newsome) se graduó de la Academia antes de la Guerra del Dominio, en 2371. Mariner estuvo destacada en la Estación Espacial Deep Space Nine en algún momento de la década de 2370, poniéndola en primera línea de la Guerra del Dominio justo cuando las tensiones aumentaban entre la Federación y el Dominio. El trastorno de estrés postraumático de Mariner se manifiesta como autosabotaje, lo que podría ser una experiencia bastante común entre los oficiales jóvenes de la Flota Estelar en esta época.
### El Canciller Alto Klingon es un aliado de la Federación
Después de que el Comandante Teniente Worf (Michael Dorn) mató al Canciller Gowron (Robert O’Reilly) en la séptima temporada de Star Trek: Deep Space Nine, episodio 22, «Tacking Into the Wind», Worf entregó el título de Canciller al General Martok (J.G. Hertzler). Martok resultó ser una elección mucho mejor para liderar el Imperio Klingon que Worf, gracias a sus humildes orígenes, su experiencia como prisionero de guerra del Dominio y su aguda capacidad para conectar con otros como líder de alto rango. Worf, para su crédito, se convirtió en el Embajador de la Federación en Q’onoS.
Martok sigue siendo el Canciller del Imperio Klingon en la temporada 2, episodio 13 de Star Trek: Prodigy, «A Tribble Called Quest», que tiene lugar en 2384. El equipo de la USS Protostar de Prodigy se encuentra con el genetista Klingon Dr. K’ruvang (Jorge Gutiérrez), en una misión del Canciller Martok para exponer debilidades en el ADN de los Tribbles que harían más fácil derrotar a los enemigos jurados de los Klingons. K’ruvang debe cumplir su promesa de restaurar su honor para poder regresar a casa. Martok comanda a sus científicos con el mismo respeto que tiene por los guerreros Klingon, señalando un cambio positivo en las actitudes del Imperio hacia otras profesiones.
